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iTunes/QuickTimeでは後者のようで、結果として、Windows標準のミキサー、つまりカーネルミキサーも効いてしまうのです。

WASAPIでiTunesを高音質に再生!? - 藤本健の“DTMステーション”

MSDNのブロック図を見ると,排他モード(注:iTunes/QuickTimeは共有モードのよう)でないと普通のソフト同様にカーネルミキサーを経由してしまうよう・・・。